perl ist deutlich schneller was pattern matching dh. vergleiche und bearbeitung von strings angeht.
Perl ist mehr low level (nicht im sinn von schlecht) und man benutzt es um änderungen am system , vor allem configurationsdateien etc. vorzunehmen.
Ein Gutes programm, z.b. ein dns management programm würde somit die web oberfläche in php haben, diese schreibt daten in die datenbank, und ab da übernimmt perl und schreibt die daten aus der db in systemdateien und startet/stoppt dienste je nach gebrauch.