Kann sein, dass ich auf der falschen Fährte bin, weil ich Atom schon lange nicht mehr gesehen habe. Aber jeder Code-Editor hat irgendwo auf der Oberfläche eine Einstellungsmöglichkeit, wo man definieren kann, mit welcher Sprache man schreibt. In der Regel muss man dazu auch nicht in ein Menü gehen.
Wenn da bei dir schon irgendwo HTML steht, ist es schon richtig. Falls du aber sowas siehst irgendwo wie plain text, php, Python, JavaScript oder andere Sprachen, dann klick da mal drauf und wähle HTML.
Syntax-Highlighting ist nur das farbige Darstellen deines Codes, was der Editor ja macht. Bei dir funktioniert das auto-complete nicht. Vielleicht findest du ja einen der beiden Begriffe ja in den Einstellungen. Das Eine hängt mit dem Anderen zusammen.
Ansonsten würd ich Atom einfach mal löschen und neu installieren, wenn sonst keiner eine Idee hat.